根據實驗的應用領域不同，來選擇不同級別的水質，再針對不同的對水的要求，選擇與應用要求相符合的純水機。通常要考慮到以下幾個因素：

1． 水質監(jiān)控手段

一臺高品質的純水機必須包括實時在線的離子水平監(jiān)測（電阻率檢測儀）和連續(xù)在線的有機物污染監(jiān)測（TOC檢測儀）。傳統(tǒng)的純水機只有電阻率檢測儀，是通過監(jiān)測液體溶液中離子在陰陽電極間的移動情況來反映水的純度，測定結果與離子濃度、電荷數及離子流動性有關，是一個很好的指示水純度的參數。超純水在25℃時的理論電阻率為18.2 MΩ.cm。

但是，僅僅以18.2 MΩ.cm（25℃）的電阻率讀數作為衡量超純水的指標是遠遠不夠的，因為很多有機物分子并不以離子形式存在，所以不會影響到電阻率的測定，造成的結果是電阻率的讀數良好時，水中可能仍然存在有機物的污染。同樣，檢測到TOC的值只能說明水中有機物的含量的多少，并不能指示水中陰、陽離子的濃度。所以必須把兩者結合起來，選擇同時帶有電阻率檢測儀和TOC檢測儀的純水器，才能確保更高質量的超純水。

2． 微生物的污染

微生物污染是最常被忽略的一個問題，微生物污染一旦出現(xiàn)，將會迅速遍及到整個純水系統(tǒng)，并且逐漸形成菌膜，很難去除。它們不斷向水中釋放有機物和離子，使用這樣的水，會導致進行離子色譜和高效液相分析時出現(xiàn)鬼峰。

微生物是一種顆粒物質，會在液相色譜分析時導致柱子回壓升高，在做ICP-MS檢測實驗時會破壞ICP噴霧器。微生物還會釋放一定數量的大分子，比如酶（核酸酶、堿性磷酸酶等）和內毒素。核酸酶的存在對有關DNA和RNA的分子生物學實驗是非常不利的，微生物釋放出的堿性核酸酶也會在酶免疫檢測中造成假陽性的結果。內毒素會活化細胞產生信號傳遞物質并且抑制酶活性。

為了防止微生物的污染，我們應該選擇無死體積、采用循環(huán)管路、帶有無菌溢流口、空氣過濾器和紫外滅菌的水箱（如Millipore的Tank），可以最大程度的抑制微生物在系統(tǒng)內的生長和增殖。

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